第一章
《时轮根本椟》中说：“非常清净殊胜法，从初解脱如来佛。一切贤良诸大德，文殊菩萨我成就。”根据这种说法，以前佛在般若乘中提出了了义法性如来藏圆满理论。这里，佛陀在讲述大密无上乘法时，提出了非常清净的法性、从初大解脱、善逝如来以及普贤、胜义诸相本质，以此相善讲阿赖耶法性，即是密宗的他空大中观，这些在空乐双运自性中现起的方便有六种，重点是金刚身的脉、气、明点的殊胜方便，为大密无上大法库，佛陀以毗卢遮那佛身大转法轮，又以法界语等身形自在安住，向不共密乘的一切殊胜弟子开示并加以摄益，不久便可将其安置于殊胜双运之位。
佛陀住世的某个时候，佛陀的徒众阿罗汉们飞向他洲，来往飞行，被邬仗那国王因陀罗菩提视见，由于距离遥远没有看清是何物，于是，因陀罗菩提国王问随行诸位大臣：“这些飞行的红鸟群是什么？”众臣回答道：“陛下，这些不是鸟，而是大仙人佛陀的声闻弟子。”因陀罗菩提王听后非常仰慕，就渴望见到佛陀，众臣看出了国王的心意，劝说到：“距离遥远难以到达”。国王听后，不觉惋惜，只能专一进行祈祷，第二天的正午，佛陀与五百阿罗降临，来到乌仗那国，国王举行了隆重迎请，做了盛大的供养，并请求成佛的方便。这时，佛陀说到：“国王，希望你舍弃贪欲，随行三学和般若六度。”国王回答说：“我与众女人共行五妙欲，以此寻求成佛的方便。”并以诗祈求：
在赡部洲美丽花园，
变成狐狸也如成仙，
舍弃妙欲的解脱法，
无论何时也不愿要，乔答摩！
刹那间，声闻弟子们隐身不见，只听见从天空中传来一个声音说道：
此处无八补特伽罗，
也没有声闻与独觉；
文殊菩萨神通广大，
变幻为声闻与独觉。
据说，这时候毗卢遮那佛转轮王等，变化成无量大曼荼罗，为因陀罗菩提王传授灌顶，使其成为(就)双运之身，并交付给国王一切续部法典，国王大加弘传，并续写成卷册，最后与众王妃隐身化去，成就受用圆满身。从此之后，由众多男女瑜伽自在者不间断传承，弘扬本初佛、大毗卢遮那佛等现证得方便道法。另外，依赖受用殊胜佛事业之相的吉祥金刚瑜伽母、金刚手菩萨、文殊金刚等无量身相，向各成就自在者传授大秘乘的近道法，证得原始自然俱生智，犹如幻术一般，出现了非常众多的持解脱贤劫明咒者，这些全都是密乘他空大中观自然乐空，俱生胜义殊胜诸相智、善巧方便甚深道所证得的果位。
特别是无上续部之王，时轮秘密教法的捷径，是我们的鲜花，天降的法缘，这与《正说文殊菩萨名号经》所讲的：“第一佛无因，智慧身天成，殊胜初三身，五身之自性”的意思相同。《时轮根本续》中说：“大手印不变之乐，从不变所生之身，皈依于部主时轮，名为遍知智慧身。”意思是了达究竟经义、一切本性、如来藏，在此无上密乘位，佛陀如何讲述无为法、自然智的三身或五身自性、大手印殊胜不变乐自性、遍知智慧身、时轮基果无别自性，即佛陀如何宣讲生圆二次第道所证的方便。
《时轮根本续》中说：“佛于灵鹫山，宣讲般若法；佛于迦札迦，讲说秘密法”。在共同化机方面，佛陀在灵鹫山讲说了般若法；在不同化机方面，佛陀在迦札迦山（吉祥米积山）讲说了密法。